Snímek 1 - Masaryk University

Snímek 1 - Masaryk University

Zklady genomiky IV. Pstupy reverzn a pm genetiky Genetika pm Jan Hejtko Masarykova univerzita, Laborato funkn genomiky a proteomiky Laborato molekulrn fyziologie rostlin Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika Vyuit knihoven inzernch mutant v postupech pm genetiky vyhledvn v knihovnch inzernch mutant podle

anatomicky nebo morfologicky detekovatelnho fenotypu metabolickho profilu exprese zajmavch gen identifikace mutovanho lokusu plasmid rescue iPCR vyuit knihoven bodovch mutant v pm genetice

pozin klonovn Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika III. Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Pstupy klasickgenetiky versus reversn genetick pstup ve funkn genomice Arabidopsis thaliana hx n NHODN MUTAGENEZE Pm genetickpstup

EMS Reverzn genetick pstup T-DNA 1. IDENTIFIKACE FENOTYPU 1.IZOLACE SEKVENN SPECIFICKHO MUTANTA 2. GENETICK MAPOVN 2. IDENTIFIKACE FENOTYPU 3. GENOV IDENTIFIKACE -pozin klonovn (retro)transposons 3. PRKAZ KAUZLN SOUVISLOSTI MEZI INZERC A FENOTYPEM Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika III.

Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika Vyuit knihoven inzernch mutant v postupech pm genetiky vyhledvn v knihovnch inzernch mutant podle anatomicky nebo morfologicky detekovatelnho fenotypu Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika III. Pstupy genetiky pm Vyuit inzern mutageneze ve studiu kancerogeneze

Infekce EMyc my retrovirem MoMuLV vede k tvorb lymfom, kter vznikly dky aktivaci Pim kinz (ve 40% aktivaci Pim1 a v 15% aktivaci Pim2), molekulrn cle tchto kinz byly neznm Infekce EMyc pim1 mutant retrovirem MoMuLV vede k tvorb lymfom, kter obsahuj v 90% inzerci v blzkosti (aktivaci) Pim2 Infekce EMyc dvojnsobnch mutant pim1, pim2 retrovirem MoMuLV vede k tvorb lymfom, u kterch lze oekvat aktivaci bu nkterho ze signlnch partner Pim protein (Y), nkterho z protein Pim signln drhy (X) nebo k aktivaci nkter z pbuznch drah vedoucch k lymfomagenezi (Z) ?

Mikkers et al., Nature Gen (2002) Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika III. Pstupy genetiky pm Izolace genomovch oblast plehajcch k mstu inzerce proviru tpen genomov DNA a ligace specilnch linker, tzv. splinkerett (zven specifity amplifikace) Prvn amplifikace pomoc specifickch primer Druh amplifikace pomoc nested primer (zven specificity)

Lokalizace oblast pilhajcch k protoviru vyhledvnm v anotovanch databzch myho genomu Devon et al., Nucl Acid Res (1994) Mikkers et al., Nature Gen (2002) Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika III. Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika

Vyuit knihoven inzernch mutant v postupech pm genetiky vyhledvn v knihovnch inzernch mutant podle anatomicky nebo morfologicky detekovatelnho fenotypu metabolickho profilu Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm-metabolomika a metabolick profilovn Metabolick profilovn rostlin hromadn a automatizovan analza metabolit (a 25.000) pomoc GC-MS technik v knihovnch T-DNA mutant

identifikace (nap. i komern) zajmavch mutant snadn a rychl izolace gen pomoc identifikace T-DNA zasaench sekvenci monost vyut i speciln techniky, nap. mikrodisekce Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika

Vyuit knihoven inzernch mutant v postupech pm genetiky vyhledvn v knihovnch inzernch mutant podle fenotypu metabolickho profilu exprese zajmavch gen a molekulrnch marker Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Identifikace mutant se zmnou expresnho profilu

Identifikace mutant se zmnou expresnho profilu analza expresnho profilu (vzorce) danho genu a identifikace mutant se zmnou exprese monost sten automatizace (virtuln digitln mikroskopie) ? Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky .slide microscope Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Identifikace mutant se zmnou expresnho profilu WT Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky

Genomika IV. Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika Vyuit knihoven inzernch mutant v postupech pm genetiky vyhledvn v knihovnch inzernch mutant podle fenotypu metabolickho profilu exprese zajmavch gen

identifikace mutovanho lokusu plasmid rescue iPCR Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm vyuit T-DNA mutageneze Identifikace chromozomln pestavby zodpovdn za kekovit fenotyp u Arabidopsis popis fenotypu Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Identifikace mutantnho fenotypu

zvlnn listy kekovit fenotyp (poruchy vtven) chybjc trychomy na listech a na stonku opodn strnut Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky The Mutant Phenotype Identification Sam sterilita, poruchy v

prodluovn tyinek (A,B) (porovnej se standardnm typem C) Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm vyuit T-DNA mutageneze Identifikace chromozomln pestavby zodpovdn za kekovit fenotyp u Arabidopsis popis fenotypu identifikace T-DNA mutovan oblasti Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Mutant Locus Identification 1. Identifikace oblasti genomov DNA pilhajc k lev hranici pomoc plasmid rescue restrikn tpen (EcoRI) mutantn genomov DNA

religace a transformace izolace plazmidov DNA z pozitivn selektovanch klon identifikovan sekvence je identick s genem pro NAD7 kdovanm na mtDNA Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Mutant Locus Identification 2. Identifikace oblasti genomov DNA pilhajc k prav hranici pomoc inverzn PCR (iPCR) restrikn tpen (EcoRI) mutantn genomov DNA

purifikace, religace a PCR pomoc T-DNA specifickch primer klonovn a sekvencovn identifikovan sekvence nebyla homologn k dn sekvenc se znmou funkc Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm vyuit T-DNA mutageneze Identifikace chromozomln pestavby zodpovdn za kekovit fenotyp u Arabidopsis popis fenotypu

identifikace T-DNA mutovan oblasti lokalizace T-DNA inzerce v genomu Arabidopsis Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Vyhledvn v knihovn IGF-BAC genomov knihovna obsahujc 10,752 klon s prmrnou velikost inzertu 100 kb bakteriln klony uspodan v mikrotitranch deskch knihovna nanesena na nylonov filtry pro hybridizaci s radioaktivn znaenou sondou Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Mapovn pomoc IGF-BAC databze I. Sekvence pilhajc k lev hranici T-DNA celkem 28 pozitivn hybridizujcch klon 19 z nich lokalizovno na chromozomu 2 18 s podobnost k mtDNA

II. Sekvence pilhajc k prav hranici T-DNA celkem 6 pozitivn hybridizujch klon vechny lokalizovny na chromozomu 2 Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Lokalizace genomov T-DNA pilhajc k lev i prav hranici T-DNA na chromozomu 2 Sekvence pilhajc k prav a lev hranici T-DNA pravdpodobn dolo k inverzi tm celho chromozmu Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika

Vyuit knihoven inzernch mutant v postupech pm genetiky vyhledvn v knihovnch inzernch mutant podle vnjho fenotypu metabolickho profilu exprese zajmavch gen identifikace mutovanho lokusu

plasmid rescue iPCR vyuit knihoven bodovch mutant v pm genetice pozin klonovn Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Pstupy genetiky pm-fragmentan analza a pozin (map-based) klonovn Pozin klonovn podstatou je kosegregan analza segregujc populace (vtinou potomstva informativnho zptnho ken) s molekulrnmi markery

SSLP (Simple Sequence Length Polymorphism) RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) polymorfizmus dlky restriknch fragment sek genomu amplifikovanch pomoc PCR RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) polymorfizmus dlky restriknch fragment sek genomu, detekce pomoc Southern blotu (PCR po

natpen genomov DNA a ligaci adaptor) CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence) polymorfizmus dlky genomu (PCR produkt) amplifikovanho pomoc specifickch primer polymorfizmus dlky nhodn (pomoc krtkch primer, 8-10 bp) amplifikovanch sek genomu AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) polymorfizmus dlky fragment genomu (PCR po natpen genomov DNA a ligaci adaptor) Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Col Col m

Ler Ler + m M + M M Pprava mapovac populace M Col Ler + m

M Col Col M Col Ler m m M M m m M Col Ler

Ler Ler M m M Col Ler m M Ler Ler m + m +

m + M M M M M M Col Col Col Ler Ler Ler +

+ + + + M M M M M + M Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky

Rekombinantn analza uren procenta rekombinace mezi mutac a molekulrnm markerem r [%] = poet chomozom Col / poet vech chromozom x 100 Ler Col Ler Col marker I ve vazb 5 mutant 1/10x100 = 10% marker II - dn vazba 6 mutant 7/12x100 = 58% Analza cca 2000 mutantnch lini Uren nejbliho (jet) segregujcho markeru Identifikace mutace pomoc sekvenovn Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Mapa DNA molekulrnch marker Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky

Markery pro jemn mapovn Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV.-shrnut Pstupy genetiky pm Pm vs. reverzn genetika Vyuit knihoven inzernch mutant v postupech pm genetiky vyhledvn v knihovnch inzernch mutant podle vnjho fenotypu metabolickho profilu

exprese zajmavch gen identifikace mutovanho lokusu plasmid rescue iPCR vyuit knihoven bodovch mutant v pm genetice pozin klonovn Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky

Zklady genomiky V. Metody funkn genomiky Jan Hejtko Masarykova univerzita, Laborato funkn genomiky a proteomiky Laborato molekulrn fyziologie rostlin Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Zklady genomiky V. Zdrojov literatura ke kapitole IV: Plant Functional Genomics, ed. Erich Grotewold, 2003, Humana Press, Totowa, New Jersey Surpin, M. and Raikhel, N. (2004) Traffic jams affect plant development and signal transduction. Nature Reviews/Molecular Cell Biology 5,100-109

Zouhar, J., Hicks, G.R. and Raikhel, N.V. (2004) Sorting inhibitors (Sortins): Chemical compounds to study vacuolar sorting in Arabidopsis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A., 101, 94979501 Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika V. Analza genov exprese Metody kvalitativn analzy genov exprese Southern blot a DNA molekulrn hybridizace Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika V. analza genov exprese

Metody analzy genov exprese Kvalitativn analza exprese gen Pprava transkripn fze promotoru analyzovanho genu s reporterovm genem (gen zpravodaj) Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika V. analza genov exprese Transkripn fze s promotorovou oblast Identifikace a klonovn promotorov oblasti genu pprava rekombinantn DNA nesouc promotor a reportrov gen (uidA,

GFP) pprava transgennch organism nesoucch tuto rekombinantn DNA a jejich histologick analza TATA box promotor 5 UTR ATGORF reportrovho genu potek transkripce Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika V. analza genov exprese Metody analzy genov exprese Kvalitativn analza exprese gen

Pprava transkripn fze promotoru analyzovanho genu s reporterovm genem (gen zpravodaj) Pprava translan fze kdujc oblasti analyzovanho genu s reporterovm genem Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika V. analza genov exprese Translan fze kdujc oblasti analyzovanho genu s repotrovm genem Identifikace a klonovn promotorov a kdujc oblasti analyzovanho genu pprava rekombinantn DNA nesouc promotor a kdujc sekvenci

studovanho genu ve fzi s reportrovm genem (uidA, GFP) pprava transgennch organism nesoucch tuto rekombinantn DNA a jejich histologick analza UTR boxoproti5transkripn fzi umoujegenu. analyzovat nap. intracelulrn lokalizaci TATA ATGORF analyzovanho ATGORF reportrovho genu.....STOP genovho produktu (proteinu) nebo jeho dynamiku promotor

potek transkripce Histone 2A-GFP in Drosophila embryo by PAM Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika V. analza genov exprese Metody analzy genov exprese Kvalitativn analza exprese gen Pprava transkripn fze promotoru analyzovanho genu s reporterovm genem (gen zpravodaj) Pprava translan fze kdujc oblasti analyzovanho genu s reporterovm genem

Vyuit dostupnch publikovanch dat Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika V. analza genov exprese Analza exprese pomoc Genevestigator (AHP1 a AHP2, Arabidopsis, Affymetrix ATH 22K Array) Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky Genomika IV. Diskuse Zklady genomiky III, Pstupy reverzn a pm genetiky

Recently Viewed Presentations

  • UNIT 6: GENETICS - Biology

    UNIT 6: GENETICS - Biology

    Terms. Gene: a segment of DNA with coded information for a particular trait or characteristic. Because animals are diploid (i.e., chromosomes in homologous pairs), there are 2 genes for each trait…one inherited from each parent.
  • WWII, Cold War, Korean War

    WWII, Cold War, Korean War

    - FDR Japan Attacks Pearl Harbor December 7,1941 - Japanese Attack on Pearl Harbor (Oahu Island of Hawaii) 1.5 hour attack Over 180 aircrafts launched from 6 aircraft carriers US could not effectively mount a counterattack - 2,403 Americans killed,...
  • Professional Governance: The First Steps Speakers Speakers  Ann

    Professional Governance: The First Steps Speakers Speakers Ann

    Professional Governance Vision. Nursing excellence is at the forefront of UCLA Health's outstanding patient care. UCLA Health Nursing empowers the professional nurse to recognize their unique gifts, to give voice to ideals, to strive for personal, professional, and academic excellence,...
  • What is a Paragraph?

    What is a Paragraph?

    A paragraph is a group of sentences which all talk about one topic or subject or idea. Sometimes a paragraph can stand alone. In this case, all the sentences will talk about only one thing. If a paragraph contains sentences...
  • Pesticide Resistance - Iowa State University

    Pesticide Resistance - Iowa State University

    Pesticide Resistance. Pesticide resistance is an important concept to understand when attempting to manage a pest. Without taking actions to delay or minimize pest resistance now, the pesticide management tactics we currently use may someday no longer work.
  • Blood Spatter #3 - Marvelous Ms. M's Science Page

    Blood Spatter #3 - Marvelous Ms. M's Science Page

    Other Blood Spatter Patterns. Blood flow patterns. High elevation to low elevation. Shows if a body has been moved. Arterial Bleeding. Typically found on walls or ceilings and are caused by the pumping action of the heart. ... Starts drying...
  • Simple Machines - robeson.k12.nc.us

    Simple Machines - robeson.k12.nc.us

    Simple Machines Starter Give five examples of work from your everyday life. Remember work is a force moving an object a distance. Review: Who doing Work Explain who is doing more work and why: a bricklayer carrying bricks and placing...
  • Animatronics (II)

    Animatronics (II)

    3rd Place - Mason Buckalew - Northern Burlington County Regional High School